Utredningarna kretsar kring det så kallade X-akterna, händelser präglade av det okända, såsom övernaturliga fenomen, muterade varelser, uråldrig skräck och statliga konspirationer. Tillsammans rör de sig i skuggorna mellan svårfångade ledtrådar och mörkläggningar, där Scully ihärdigt kräver empiriska bevis medan Mulder dras allt djupare in i övertygelsen att sanningen finns där ute.

Dramat fördjupas av en enorm, löpande konspiration styrd av en hemlig sammanslutning känd som Syndikatet, med den mystiske ”Rökaren” i spetsen. Seriens drivkraft är förutom de kusliga enskilda fallen den intensiva, platoniska kemin mellan agenterna, vars tillvaro präglas av ständig livsfara, paranoia, kidnappningar och den gradvisa utraderingen av gränsen mellan vad som är vetenskap och fiktion.